Công Ninh từng có mối tình lâu dài với diễn viên Ngọc Trinh (diễn viên phim Mùi ngò gai), đã tính đến chuyện kết hôn. Nhưng sau gần 10 năm quen nhau, Công Ninh và Ngọc Trinh chia tay. Năm 2009, Ngọc Trinh lên xe hoa với người chồng Hàn Quốc và sau này Công Ninh coi Ngọc Trinh như em gái.

Năm 2013, Công Ninh cưới người vợ kém 20 tuổi đó là Tuyết Vân, từng là sinh viên Trường Đại học Sân khấu - Điện ảnh Thành phố Hồ Chí Minh nơi Công Ninh giảng dạy. Sau khi ra trường, cô làm diễn viên lồng tiếng và sau đó làm diễn viên trên sân khấu 5B Võ Văn Tần, Thành phố Hồ Chí Minh.

Năm 2014, Tuyết Vân sinh một đứa con gái. Công Ninh chia sẻ sẽ không sinh con thêm nữa vì không còn trẻ, điều kiện kinh tế hiện tại chưa cho phép.[4]